Genômica adaptativa de espécies neotropicais

Este projeto busca compreender a dinâmica das populações brasileiras de peixe-boi e as causas e consequências da hibridização interespecífica entre o peixe-boi marinho (Trichechus manatus) e o peixe-boi amazônico (T. inunguis) para a conservação dessas populações ameaçadas de extinção localizadas ao redor do estuário do rio Amazonas e do litoral das Guianas, o que pode estar relacionado à adaptação local dos híbridos a um ambiente intermediário (semelhante a um estuário), cercado por populações não híbridas. A análise será apoiada por um novo genoma de nível cromossômico em construção pelo consórcio VGP.

Líder: Fabricio Santos

Os dados de re-sequenciamento do genoma completo de vários indivíduos de Choloepus didactylus que representam a distribuição amazônica da espécie serão comparados com um genoma de referência em nível cromossômico, recentemente sequenciado e anotado em uma colaboração entre Leibniz-IZW e o Vertebrate Genomes Project. Os sinais de seleção positiva serão investigados por meio de uma análise funcional aprofundada e os padrões de contração e expansão da família gênica e os elementos repetidos serão comparados entre as linhagens.

Líder: Camila Mazzoni

As análises de genomas em larga escala ajudarão a resolver a taxonomia desse grupo (Nasua nasua) e a entender as bases genéticas e a relevância adaptativa de suas populações e de sua variação morfo-ecológica. Empregaremos sequências de genoma completo para investigar a diferenciação evolutiva, incluindo assinaturas de divergência adaptativa. 

Líder: Eduardo Eizirik

Usaremos uma abordagem genômica para investigar a base genômica da adaptação ao mesmo estilo de vida (ambiente fluvial ou marinho) em diferentes espécies de mamíferos aquáticos: duas espécies de peixes-boi, Trichechus manatus (marinho) e T. inunguis (fluvial), e dois golfinhos, Sotalia guianensis (marinho) e S. fluviatilis (fluvial). A análise genômica comparativa será realizada para avaliar se ocorreram mudanças convergentes nos genomas dessas espécies durante a evolução independente de caracteres semelhantes devido às mesmas pressões seletivas. Líder: Mariana Nery

Uma montagem do genoma em nível cromossômico permitirá o uso de dados de re-sequenciamento de baixa cobertura para identificar regiões possivelmente afetadas por seleção natural. Esses resultados fornecerão informações sobre: 1) se a adaptação se deve a regiões estruturais ou regulatórias; 2) quantos estoques pesqueiros existem nessa espécie não descrita que é explorada por seres humanos; e 3) se as populações exploradas pela pesca comercial já demonstram assinaturas de colapso demográfico. Líder: Ricardo Pereira

Padrões de adaptação serão investigados usando dados genômicos de populações representando a distribuição completa do tamanduá-mirim (Tamandua tetradactyla) nos biomas brasileiros. Os dados serão comparados com o novo genoma de referência a nível cromossômico do tamanduá mirim, que está sendo finalizado numa colaboração entre o Leibniz-IZW e o consórcio Vertebrate Genomes Project.

Líder: Camila Mazzoni

Sinais de divergências adaptativas entre espécies sul-americanas de antas, incluindo Tapirus brasiliensis, T. pinchaque, e a recentemente descrita T. kabomani,  serão investigados através de genômica comparativa. Análises de populações alopátricas e simpátricas de T. brasiliensis x T. kabomani  permitirão o estudo de sinais de adaptação divergente que podem estar correlacionados aos diferentes nichos ocupados pelas espécies.

Líder: Fabrício Santos